Les premières fleurs blanches sont apparues dans les champs en ce très beau mois de juin alors que les pieds atteignent plus de trente centimètres. La floraison se fera en continu jusqu’au mois d’octobre. Après la fleur vient le fruit, d’abord vert puis rouge. Il faut environ deux mois à une fleur pour devenir un fruit prêt à être récolté. Lorsqu’il est petit et vert, le piment d’Espelette ne pique pas. La capsaïcine, substance qui lui procure son piquant, n’est pas encore sécrétée par les glandes situées sur les filaments qui relient les futures graines aux cloisons du fruit.
